Boken "Germany and the Holy Roman Empire" gir en ny og spennende tolkning av en avgjørende epoke i tysk og europeisk historie, fra de store reformene mellom 1495 og 1500 til oppløsningen av Det hellige romerske riket i 1806. Over to volumer avviser Joachim Whaley forestillingen om at dette var en langvarig nedgangsperiode, og viser i stedet hvordan de keiserlige institusjonene utviklet seg som svar på krisene i det sekstende og attennde århundre, særlig reformasjonen og trettiårskrigen. Boken undersøker også hvordan internasjonale forhold påvirket riket. Det første volumet begynner med en gjennomgang av reformene under Maximilian I og avsluttes med Westfalsk fred i 1648. Her presenteres en ny tolkning av reformasjonen, bondekrigen, det schmalkaldiske krig, og Augsburgfreden, samt utviklingen av protestantismen og katolisismen etter reformasjonen. Tysklands politikk motsto med suksess ambisjonene til Karl V og de gjentatte angrepene fra både osmanerne og franskmennene.
