Innføringen av gresk filosofi i den muslimske verden har satt dype spor i den islamske intellektuelle historien. Den filosofiske diskursen ble en konstant del av selv de tradisjonelle islamske vitenskapene. Likevel førte den aristoteliske metafysikken til doktriner om Gud og universet som mange muslimske teologer, inkludert den 14. århundrets lærde Ibn Taymiyya, fant sterkt kritikkverdig. Ibn Taymiyya, ansett som en av de mest formidable og prolifiske tenkerne i middelalderens islam, plasserte skylden for de 'heretiske' metafysiske konklusjonene som var en følge av gresk logikk, på denne tenkningen selv. Han tok derfor på seg oppgaven med å motbevise filosofisk logikk, noe som resulterte i en av de mest omfattende angrepene mot det logiske systemet som ble opprettholdt av de tidlige greske tenkerne, deres senere kommentatorer og deres muslimske tilhengere. Hans argumentasjon er forankret i en empirisk tilnærming som på mange måter forutgikk senere filosofiske strømninger.
