I 'Nova War' følger vi piloten Dakota Merrick og Lucas Corso, som blir tatt til fange av den fremmede rasen Bandati etter å ha blitt funnet adrift langt fra Consortium-rommet. Under fangenskapet oppdager Dakota at menneskets forståelse av galaksen er dypt misvisende. Gjennom uoversiktlige konflikter har Shoal nemlig ført en grensekrig mot en rivaliserende art, Emissaries, i flere tusen år. Videre viser det seg at Emissaries fortsatt ikke har full forståelse av den ødeleggende kraften bak deres FTL-teknologi. Nå som Bandati har fått tilgang til denne informasjonen, planlegger de å utnytte det for egen vinning. Dakota innser med forferdelse at Shoal kan representere galaksens mest lovende sjanse for fred. Ved å danne en allianse med Trader, et medlem av Shoal, setter hun alt inn på å hindre at Bandati får muligheten til å dele deres dødelige kunnskap med Emissaries. Likevel ser det ut til at en nova-krig er uunngåelig – en krig som truer med å utslette millioner av beboelige verdener.
