I denne spennende oppfølgeren til 'The Mushroom Knight' møter vi den unge jenta Lem, som begir seg ut i de dype, mørke skogene på leting etter sin savnede hund. Hennes jakt bringer henne sammen med Gowlitrot, en tapper soppråtte, og sammen kastes de inn i et magisk eventyr hvor de må beskytte biomene fra potensielt katastrofale trusler. Etter hvert som vennskapet mellom Lem og Gowlitrot vokser, lover han å hjelpe henne med å avdekke hemmelighetene rundt hundens skjebne. Men underveis avdekker de farlige forræderier som utfordrer grunnlaget i deres respektive verdener, både indre og ytre. Den naturlige verden vil aldri se lik ut igjen etter denne opplevelsen.
