I en liten bys karneval blir to menn, innkalt mystisk gjennom telegram, vitne til et bisart drap. Telegrammene er signert "Jason Bourne." Bare de to forstår Bournes sanne identitet og innser at telegrammene egentlig er en beskjed fra Bournes dødelige fiende, Carlos, også kjent som Jackalen - verdens mest fryktede og unnvikende terrorist. De vet også hva Jackalen ønsker: et siste oppgjør med Bourne. David Webb, professor i orientalske studier, ektemann og far, må nå gjøre noe han håpet aldri å måtte gjøre igjen – ta på seg den fryktede identiteten til Jason Bourne. Planen hans er enkel: infiltrere den politisk og økonomisk mektige Medusan-gruppen og bruke seg selv som lokk for å lure den listige Jackalen inn i en dødelig fell. En felle der kun én av dem vil kunne unnslippe.