Den keiserlige japanske marinen utviklet ubåten raskere enn noe annet land i verden. På grunn av rivaliseringene mellom de to militære hierarkiene, hæren og marinen, klarte de imidlertid aldri å utnytte ubåten i sin fulle utstrekning. Til tross for dette gjorde Japan betydelig bruk av en rekke unike ubåter under andre verdenskrig. Blant annet hadde Type B1 ubåten muligheten til å bære et Yokosuka E14Y1 rekognoseringsfly i en vanntett kapsel festet til dekket av ubåten. Et av disse flyene gjennomførte to bombeangrep på en skog i Oregon, ved å slippe seks brannbomber og dermed tok krigen til det amerikanske fastlandet. Bruken av fly fra ubåter som rekognoseringsfly viste seg imidlertid å ikke være så vellykket som håpet, hovedsakelig på grunn av vanskeligheten med å finne ubåten igjen etter at flyet var sendt ut i det enorme Stillehavet og Indiske hav. Japan utviklet også de gigantiske I-400 klasseubåtene som kunne bære tre Sieran bombefly. I løpet av krigen var det flere bemerkelsesverdige hendelser knyttet til den japanske marinen.
