Døden til Ptolemy VI førte til at hans yngre bror, Ptolemy VIII, tok over tronen. Dette markerte begynnelsen på en langvarig og turbulent periode preget av familiekonflikter, opprør, intriger og kriger. En av kongene, Ptolemy VII, ble myrdet, mens Ptolemy VIII fikk oppleve oppgjør med sine to samtidige koner som både planla og begikk opprør. Da han døde, ble Kleopatra III, en av hans koner, effektivt hans etterfølger. Ptolemy VIII var på mange måter ikke en dårlig konge; han fremmet utnyttelsen av den nyoppdagede monsun-klimaet i Det indiske hav for å utvikle handel med India, og han brukte sin (mye reduserte) marine for å opprettholde kontakt med områdene rundt Middelhavet. Kleopatra III gjorde et nytt forsøk på å gjenerobre Palestina, men mislyktes i den såkalte Åttende syriske krigen. Fra døden til Ptolemy IX i 80 f.Kr. oppstod det to overordnede problemer. Ptolemy IX var den siste legitime Ptolemy, og arvefølgen var fra da av stadig omstridt. I tillegg truet den voksende makten til Roma over hele situasjonen.
