Sophie og Josh er tilbake i San Francisco, men farene truende fra de mørke eldste er fortsatt til stede. Samtidig står de overfor en utfordring, da de ikke har mestret magien som er nødvendig for å beskytte seg selv. Deres tillit til Nicholas Flamel er svekket, og deres venn Scatty er forsvunnet. Uten at tvillingene er klar over det, har John Dee samlet en enorm hær av avskyelige skapninger som han planlegger å bruke i kampen mot Nicholas og hans kone, Peronelle. For at hans plan skal bli vellykket, må han trene en nekromantiker til å gjenopplive Mødrenes Gudinne. Tvillingene, som allerede er legendariske, vil være de ideelle lærlingene i hans grufulle plan.
