Handlingene fortsetter for de sammenslåtte rollene fra PERSONA 3 og PERSONA 4! Yu Narukami står nå overfor den sanne hjernen bak turneringen, Tohru Adachi, hvis liv har vært i fare på grunn av en skjult kraft han besitter. Samtidig har Shu Minazuki et brennende ønske om å knytte bånd med sin fosterfar, Shuji Ikutsuki. Når disse tre karakterene møtes på det endelige slagmarken, vil den fulle sannheten bak P-1 Climax bli avdekket!