To år har gått siden Red og hans venner triumferte over Team Rocket i Saffron City. Nå står Red overfor en ny utfordring fra Bruno, en mektig trener fra Elite Four, som inviterer ham til kamp. Men når Red legger ut på sin reise for å møte Bruno, forsvinner han plutselig uten spor. Den unge treneren Yellow, sammen med sin trofaste Pikachu, bestemmer seg for å sette i gang en søken for å finne Red. Samtidig er Elite Four i full konflikt, noe som setter gjenopprettelsen av balansen i Pokémon-verdenen i fare. I den andre delen av Pokémon-eventyrene tar fortellingen om de fascinerende skapningene og deres dedikerte trenere en ny vending. Etter at historien om Red, Blue og Green ble avsluttet i forrige bind, kaster denne delen lys over Yellows eventyr. Serien fortsetter med en gripende fortelling som strekker seg over fire kapitler, og lover leserne ny spenning og uventede vendinger i kampen mellom det gode og det onde.