I 'Den danske agent' følger vi FE-agenten Sigrid Melin, som befinner seg på en intens jakt etter en terrorist med planer om å angripe København. Når hun avdekker terroristen sin identitet, blir hun brått fjernet fra saken. Sigrid befinner seg undercover på den danske ambassaden i Beirut når hun oppdager en mistenkelig passasjer i flyplassen, som viser seg å være knyttet til en truende terrorplan med mål om angrep både i Danmark og Tyskland. Sammen med sin kollega, BND-agent Felix Zobel fra Berlin, må hun infiltrere og avdekke terroristens nettverk. Underveis støter de på et pengespor som fører dem dypt inn i Beiruts komplekse og korrupte finansverden, der både Islamisk Stat og rivaliserende spioner er involvert i hvitvasking av penger. Et nytt vendepunkt i etterforskningen oppstår når Sigrids undersøkelser peker mot en dansk IS-kriger, men PET avviser saken med henvisning til at mannen er en av deres agenter. Sigrid blir skeptisk til denne forklaringen, spesielt siden hun har personlige grunner til å miste tilliten til PETs operative leder, som er sammen med hennes eksmann. Med sin usikkerhet som drivkraft, bestemmer Sigrid seg for å fortsette sin egen etterforskning, noe som setter henne i livsfarlige situasjoner.
