I 'In the Name of Heaven' får leserne en grundig historisk gjennomgang av religiøs forfølgelse, som strekker seg over tre tusen år og omfatter et bredt spekter av kulturer globalt. Forfatter Mary Jane Engh definerer religiøs forfølgelse som 'undertrykkende handlinger initiert eller godkjent av myndigheter mot deres egne folk av religiøse grunner'. Boken begynner med det gamle Egypt, deretter fortsetter den med bibelsk historie fra Israel, som inkluderer beretninger om guddommelig beordret folkemord og dødsstraff for tilhengere av andre guder. Videre analyseres den greske antikken, hvor filosofer som Sokrates, Alkibiades og Aristoteles kom i konflikt med den religiøse etableringen. Engh tar også for seg den romerske imperiet, der jøder, kristne og manikere ble forfulgt, og senere hvordan kristendommens utbredelse førte til forfølgelse av hedninger og kjettere. Boken gir også innsikt i det islamske imperiet, hvor polyteister opplevde alvorlige forfølgelser. Gjennom en rik kombinasjon av historiske data og dyptgående analyser, kaster Engh lys over de komplekse sammenhengene mellom religion og forfølgelse gjennom tidene.