I "Deep River" tar en gruppe japanske turister fatt på en reise til den hellige elven Ganges, der hver og en av dem bærer på sin egen hemmelige og personlige pilgrimsreise. Enkemannen Isobe sørger over sin hengivne kone som han neglisjerte, mens den milde barnelitteraturforfatteren Numanda søker etter fuglen som han mener reddet livet hans. Kiguchi, som er plaget av minner fra tiden som soldat langs Dødsveien, og Mitsuko som prøver å gjennforene seg med klassekameraten hun fristet bort fra kirken og deretter sviktet, er også med på reisen. Ved de stille bølgene fra elven, der troende kommer for å bade i sine siste øyeblikk, søker de alle selvinnsikt, og minner skal finne sin fred. Med en rik bakgrunn fra India på 90-tallet, er "Deep River" en gripende fortelling som viser Endo i sin beste form som en forteller om religiøse erfaringer.