I "Tom Clancy Defense Protocol" er innsatsen høyere enn noensinne når en maktsyk kinesisk president truer Taiwans suverenitet. Gjennom flere tiår har Taiwan vært en torn i siden på den kinesiske regjeringen, som ser øya som en opprørsprovins til tross for at den er anerkjent som en uavhengig nasjon av resten av verden. Den nye kinesiske presidenten, Li Jian Jun, har fått nok av sløsing med tid og har utarbeidet en hemmelig militær operasjon for å ta kontroll over øyen. Den eneste som kan stoppe Li's blodige og vanvittige planer for gjenforening, er forsvarsminister Qin Haiyu. I frykt for sitt eget liv og sikkerheten til sin familie, kontakter Qin CIA i Beijing i hemmelighet og uttrykker sitt ønske om å desertere til vesten. For å hjelpe Qin med å flykte, setter John Clark sammen en internasjonal task force som minner om Rainbow Six, samtidig som han går under dekke i fastlands-Kina. Parallelt med dette blir løytnant Katie Ryan sendt til frontlinjen for å støtte denne kritiske operasjonen.
