Ingen kan unnslippe sannheten. Når et skip fylt med Sith-krigere ankommer Galaktisk Allianse sitt rom, fører kampen for å ødelegge det til avsløringen av en skjult trussel: en lenge skjult gruppe kloner, hemmelig laget som utspekulerte våpen med evnen til å bruke Kraften, uten hensyn til forskjellene mellom lys og mørke. Nå har klonene sluppet unna, og bevis tyder på at de er rammet av genetiske sykdommer og voldsom galskap. Jedi-ridder Jaden Korr begir seg ut på en jakt etter klonene, med håp om å helbrede dem, men også med beredskap til å ødelegge dem om nødvendig. Det Jaden ikke vet, er at Sith-agenter er tett etter hans spor, fast bestemt på ikke bare å gjenerobre klonene for sin Mester, men også å fange Jaden til sine egne mørkesidede formål. I en kamp på liv og død må Jaden konfrontere en sjokkerende virkelighet som vil ryste ham til kjernen, og han står ansikt til ansikt med spørsmålet om hva som virkelig gjør en mann... og en Jedi.
