Menneskeheten har nådd stjernene og blitt en del av et enormt galaktisk fellesskap av ulike romvesen. Men i de uutforskede delene av verdensrommet lurer Reaperne, en rase av bevisste romskip som har som mål å 'høste' de organiske artene i galaksen for sine egne mørke formål. Den Illusive Man, lederen av den pro-menneskelige black ops-gruppen Cerberus, er en av de få som kjenner sannheten om Reaperne. For å sikre menneskehetens overlevelse, setter han i gang en desperat plan for å avdekke fiendens styrker - og svakheter - ved å studere noen som er implantert med modifisert Reaper-teknologi. Han vet om den perfekte subjects for sine skremmende eksperimenter: den tidligere Cerberus-operatøren Paul Grayson, som reddet sin datter fra organisasjonens grep med hjelp fra Ascension-prosjektets leder, Kahlee Sanders. Men når Kahlee får vite at Grayson er savnet, henvender hun seg til den eneste hun kan stole på: Alliance-krigeren kaptein David Anderson. Sammen legger de ut på en reise for å finne den hemmelige Cerberus-fasiliteten hvor Grayson er holdt fanget. Men de er ikke de eneste som er på jakt etter ham.
