Klonkrigene pågår for fullt. Mens opprørske separatister kjemper hardt for å ta kontroll over galaksen fra republikken, manipulerer den supre kansler Palpatine smart begge sider for sine egen ondskapsfulle formål. Kaptein Rex fra Torrent Company går med på å midlertidig avlaste Anakin Skywalker av Ahsoka, hans allestedsnærværende og umettelig nysgjerrige Padawan, ved å ta henne med på en rutinemessig tre-dagers testtur om bord på kaptein Gilad Pellaeons nyoppussede angrepsskip. Men øvelsen forvandles til en aktiv og farlig redningsmisjon når republikks undercover-agent Hallena Devis forsvinner midt i en separatistisk invasjon. Kalt til en fjerntliggende verden for å hjelpe en lokal diktator som står overfor en revolusjon, finner Hallena seg omringet av sinte frihetskjemperne og begynner å stille spørsmål ved republikkens metoder og motiver. Pellaeon, som er bundet til å redde den savnede agenten som også er hans hemmelige kjærlighet, står overfor en indre konflikt mellom plikt og begjær. Og Ahsoka blir sendt inn sammen med Rex for å bistå.
