I løpet av de siste dagene av Klonkrigen står Omega Squadron overfor sitt livs største prøve når Palpatine utsteder den fryktede ordre 66. Klonkrigen når sitt blodige klimaks, og innenfor denne tumulten hersker forræderi, mens det kreves mot for å utføre svik. Soldatene, Jedi og hele den galaktiske republikken må nå konfrontere slutten på livet slik de kjenner det, samtidig som de står overfor den fryktede oppkomsten av et nytt imperium. I denne kritiske fasen vet ingen hvem seieren vil tilfalle, enten det er Grand Army of the Republic eller Separatistene. Uansett utfallet vil de elite Special Ops klonene, inkludert Republic Commandos fra Omega og Delta-squadrene samt de beryktede avhoppende Advanced Recon Commando-troppene kjent som Null ARCs, stå overfor de største farene. Når konflikten nærmer seg en eksplosiv avslutning, viser det seg at selv de mest formidable våpnene kanskje ikke er tilstrekkelige til å overvinne den virkelige trusselen: den apokalyptiske skrekken som slippes løs når Palpatine uttaler de skremmende ordene 'Tiden er inne. Utfør ordre 66.' Dette betyr at Jedi har forsøkt å utføre et kupp, og at de alle skal henrettes ved syne.
