The African Samurai tar oss tilbake til sent på 1500-tallet og fører oss gjennom et historisk landskap som omfatter Afrika, India, Portugal og Japan. Denne gripende romanen er basert på den sanne historien om Yasuke, som ble Japans første utenlandske samurai og den eneste samuraien av afrikansk avstamning. Handlingen utspiller seg i 1579 når et portugisisk handelsskip ankommer Kuchinotsu, Japan, med en last fylt av europeiske varer og våpen. Ombord er far Alessandro Valignano, en italiensk prest og jesuittmisjonær hvis autoritet i Sentral- og Øst-Asia kun er overgått av paveens. Ved hans side står hans beskytter, en stor og skremmende mann fra Øst-Afrika. Han ble tatt fra landsbyen sin som barn, solgt som slave til portugisiske leiesoldater og tvunget til å kjempe i kriger i India. Den unge, men erfarne soldaten, bærer med seg byrden av sitt fortid. Fra Kuchinotsu leder Far Valignano en ekspedisjon mot Kyoto, men en opprør tvinger hans beskytter til å stå ansikt til ansikt med landets mektigste krigsherre, Oda Nobunaga.