I en avsidesliggende del av Italia på 1930-tallet, følger vi den unge Damin som står overfor de forvirrende følelsene som følger med ungdomstiden. En dag, ved en tilfeldighet, blir han vitne til en dypt forstyrrende hendelse: han ser sin mor ha sex med den lokale fascistlederen. Denne opplevelsen fyller ham med smerte, sinne og forvirring, men også en uimotståelig trang til å overvåke disse to, noe som utvikler seg til en besettelse. Damin isolerer seg fra verden rundt seg og søker ingen hjelp til å forstå sine overveldende følelser. I stedet kanaliserer han sin aggresjon og frustrasjon inn i spydkast, og han blir stadig dyktigere, til han til slutt oppnår status som lokal mester. Men denne suksessen viser seg å være kortvarig; preget av forvirring og kaos, svikter han vennene sine og påfører dem ydmykelse. "The Javelin Thrower" forteller en gripende historie om en erotisk oppdagelsesreise som ender i tragedie, preget av det mørket som raste i Mussolinis Italia.
