Etter at en mystisk kule kolliderer med Tokyo, dukker legender tilsynelatende født av den gamle mayakulturen opp. I virkeligheten er imidlertid disse skapningene fremmede inntrengere kjent som Mazone, plantekvinner som vandret på jorden i svunne tider - og som nå har kommet tilbake for å gjøre planeten til sin egen. Bare rompiraten Kaptein Harlock, med et sammensatt mannskap av renegater ved sin side, har det som skal til for å redde jorden fra denne alvorlige trusselen.
