Etter at en mystisk kule kolliderer med Tokyo, dukker legender tilsynelatende fra den eldgamle mayakulturen opp. Det viser seg imidlertid at disse skapningene er utenomjordiske inntrengere kjent som Mazone, plantekvinner som vandret på jorden i svunne tider og nå er tilbake for å gjøre planeten til sin. Med et uvanlig mannskap av opprørere ved sin side, er det kun rompiraten Captain Harlock som har evnen til å redde jorden fra denne trusselen.
