I 'Classroom of the Elite (Manga) Vol. 3' blir vi vitne til det tøffe livet ved Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing High School, hvor studentene nyter enestående frihet, men kun hvis de klarer å vinne, bytte eller spare nok poeng for å klatre opp i hierarkiet. Etter en voldsom konfrontasjon med elever fra klasse C står Sudou i fare for å bli utvist. Ayanokouji og Horikita er på jakt etter vitner, og ser kanskje håp i klasse D-vennen Sakura, men hun er motvillig til å blande seg inn i konflikten. Selv om hun skulle være villig til å tre frem, vil folk stole på en student fra klasse D? Samtidig oppdager Ayanokouji og vennene flere metoder for å tjene poeng utenom klassens karakterer. Men vil dette være nok til å frigjøre dem fra de begrensninger som klasse D medfører, eller er systemet virkelig rigget mot dem?
