I "Malevolent Spirits: Mononogatari Vol. 1" møter vi et unikt univers der ånder kan krysse inn i den menneskelige verden. Disse åndene kan innta gamle gjenstander og dermed få en fysisk form, kjent som tsukumogami. Disse vesnene kan være alt fra milde til voldelige, og Saenome-klanen har en fredelig tilnærming til å hjelpe dem tilbake til åndeverdenen for å unngå deres destruksjon. Kunato Hyouma, en medlem av klanen, har derimot en annen tilnærming. Han bærer på et nag fra en hendelse der en tsukumogami frarøvet ham noe viktig, noe som har gjort ham langt fra fredfull. Hyoumas grådighet og brå sinne i møte med disse åndene bekymrer hans bestefar, som derfor sender ham til Kyoto for å bo hos en uvanlig ung kvinne: Nagatsuki Botan. Botan lever i harmoni med tsukumogami, og betrakter dem som familie. Spørsmålet nå er: Kan Hyouma lære å kontrollere sine følelser i møte med disse åndene, eller vil hans egen ånd for alltid være fanget av raseri?
