I den andre volum av 'Tomo-chan is a Girl!' møter vi den gutteaktige videregående jenta Aizawa Tomo. Endelig har hun bestemt seg for å confesse sine følelser til barndomsvennen Jun og fortelle ham om sin forelskelse. Men til hennes store frustrasjon går bekjennelsen rett over hodet på ham. Jun, som ikke engang innså at Tomo var en jente før de kom til ungdomsskolen, fortsetter å se på henne som en kompis. Hvordan kan Tomo-chan overbevise ham om det motsatte og vinne hans hjerte? Denne volumer tar leserne med på en underholdende og inderlig reise gjennom vennskap, misforståelser og de søte vanskelighetene med ungdommelig kjærlighet.