Wendy Darling befinner seg igjen i armene til den sjarmerende Peter Pan, en gudebarn som er besatt av makt. Denne gangen er imidlertid ikke Wendys følelser drevet av lidenskap, men av en hemmelighet: med Hook som sin allierte, har hun som mål å beseire det onde som ligger inne i Peter, det onde som holder hele Neverland som gisler - Skyggen. For å oppnå dette må Wendy stille og metodisk rive Peter fra innsiden av hjertet hans, samtidig som hun må overbevise Tink til å svikte den forvridde kjærligheten som binder dem sammen. Denne oppgaven blir nesten umulig med ankomsten av Booth, hennes kjæreste fra London, som nå er en brikke i Peters manipulerende spill - en gutt hvis hjerte hun må knuse for å redde livet hans. Når hele Neverland forbereder seg på kamp, må Wendy iherdig arbeide for å løse opp Peters forbindelse til Skyggen, en hemmelighet som lenge har vært begravet i den Forsonede Hagen. Når tiden er inne, vil pirater, havfruer, De tapte guttene og Darling-familien alle reise seg - men hvis Wendy ikke kan påkalle Skyggen, vil de alle bli ødelagt av Peters mørke sjel. Krigen er i ferd med å bryte ut.
