Er hun helten eller skurken? I "Black Butterfly" våkner hovedpersonen opp i et land som har blitt knust av terrorangrep, angivelig utført av den kinesiske regjeringen. Hun har ingen minner fra sitt tidligere liv – ikke engang navnet sitt. Alt hun vet, er at hun var i New York City den skjebnesvangre dagen angrepene fant sted. Snart oppdager hun at hun besitter en urovekkende rekke voldelige talenter. Elijah og hans nye familie av utradisjonelle selvforsynte fra Upstate New York tar henne imot og hjelper henne med å lege sår. Uten noe annet sted å dra, slår hun følge med dem til en demonstrasjon i Washington D.C. Den varierte gruppen begynner å føles som den familien hun ikke husker – eller aldri hadde. Et møte med Luca, en spion fra et hemmelig offentlig byrå, bekrefter Black Butterflies verste mistanker om hvem hun var i det livet hun har glemt. Når flere minner begynner å komme tilbake, reiser Black Butterfly til byråets hovedkvarter for å finne ut hvem som står bak terrorangrepene. Det er uklart om hun har til hensikt å avsløre sannheten eller å vende tilbake til sitt tidligere liv.
