I det tjuefemte århundre, i en tid hvor Spartan-II-programmet har gått fra hemmelighet til offentlighet, begynner legenden om de pansrede supersoldatene å ta form. Disse tapre krigerne har stått i frontlinjen mot utallige angrep fra Covenant, og deres heroiske handlinger har blitt gjenstand for myter. Mens Master Chief forsvarer en beleiret jorden og de mange fraksjonene av Covenant fortsetter sin ubarmhjertige kamp mot menneskeheten, igangsetter en ultra-hemmelig avdeling av Office of Naval Intelligence, kjent som 'Section Three', en plan for å gi UNSC den nødvendige tiden de trenger. Planen krever imidlertid hundrevis av villige soldater - og en siste Spartan for å fullføre oppdraget. Planeten Onyx, som nesten er forlatt, blir det ideelle stedet å sette denne planen ut i livet. Men når Master Chief ødelegger Halo, aktiveres noe dypt inne i Onyx: Eldgamle Forerunner-teknologier vekkes til liv, og både UNSC- og Covenant-flåter konkurrerer om å få tak i dem for å endre krigens gang mellom mennesker og Covenant.
