Oppdag en helt ny Star Trek-filmæra eventyr! Mens han prøver å tilpasse seg sin rolle som kommandant ved Starfleet Academy, må admiral James T. Kirk plutselig håndtere den kontroversielle og turbulent integreringen av en fremmed krigskaste i studentmassen. Situasjonen spisser seg til når kontroversene ved akademiet eskalerer til mord. Samtidig undersøker kaptein Spock ombord på USS Enterprise og kommandør Pavel Chekov fra USS Reliant en rekke kraftige kosmiske stormer som tilsynelatende retter seg mot Føderasjonens verdener. Disse ustoppelige utbruddene ser ut til å komme fra selve rommets stoff. Mens de forsøker å forutsi hvor de dødelige stormene vil ramme neste gang, gjør Spock og Chekov en sjokkerende oppdagelse: svaret ligger i kommandør Nyota Uhuras fortid—en fortid hun ikke lenger husker.
