I denne spennende og actionfylte fortellingen følger vi Mike Mignola's kjente figur, Hellboy. Handlingen finner sted etter at en blodrød demon med klovnet føtter ble påkalt av aksemaktene mot slutten av andre verdenskrig. Deretter ble han adoptert av den amerikanske regjeringen, som ga ham navnet Hellboy og oppdro ham i hemmelighet. I dag er Hellboy en ledende feltagent for Bureau of Paranormal Research and Defense (BPRD). Han stiller spørsmål ved det ukjente—og med kraft og styrke får han det til å underkaste seg. Hellboys nyeste oppdrag tar ham til Vatikanet, hvor engler har angrepet og ødelagt en hel etasje av bygningens dyrebare bibliotek. Dette er en ukjent situasjon, selv for BPRD. Sammen med sin amfibiske kollega, Abe Sapien, blir Hellboy sendt for å undersøke. Ved ankomst oppdager de at tusenvis av dokumenter fra alle historiske epoker har blitt ødelagt, bortsett fra ett—redde fra de hellige flammene av en besatt forsker. Hans skatt? En eldgamle pergament som angivelig er skrevet av.