Hvis du tror du vet hvordan alt begynte, tenk deg om igjen... Den unge Jim Kirk ønsker ingenting å gjøre med Starfleet og har ingen planer om å forlate Jorden. Sommeren 2249 befinner han seg i San Francisco som en sta syttenåring som sliter med å få endene til å møtes, plaget av forferdelige minner fra fortiden. I samme by er den nitten år gamle alienen Spock fast bestemt på å overvinne følelsesmessige utfordringer som følger med hans blandede art. Han er fast bestemt på å bevise for foreldrene sine at han har det som skal til for å være Vulcaner – selv om det innebærer å avdekke en mystisk konspirasjon ved hjertet av den vulkanske ambassaden, som strekker seg til de fjerneste grensene av Forbundets territorium. Der har en kald og skremmende trussel oppstått, som setter Forbundets dypeste tro på at krig er en ting fra fortiden, på prøve. Forbundet mener at en trygg fremtid kan skapes utelukkende gjennom fredelige midler. Men det er nettopp i San Francisco, hjemmet til Starfleet Academy, hvor denne trusselen skal bli møtt av to plaged tenåringsgutter, som drives av et felles ønske om å løse mystikken som knytter dem sammen.
