Shamanisme blir ofte forstått gjennom referanser til ånder og sjeler. Disse begrepene ble imidlertid innført av kristne misjonærer som en del av kolonialiseringen og konverteringsprosessen. I stedet for å forsøke å forstå shamanisme gjennom middelalderske europeiske begreper, undersøker denne boken fenomenet gjennom ideer som begynte å utvikle seg i Vesten etter møtet med amerindiske sjamaner. 'Microbes and Other Shamanic Beings' presenterer tre hovedargumenter: For det første har de tidligste beretningene om amerindisk shamanisme mer til felles med dagens mikrobiologiske økologi enn med kristne religiøse overbevisninger. For det andre gir menneskelige sanser oss muligheten til å oppfatte den mikrobielle verdenen uten hjelpemidler; for eksempel kan entoptisk syn la oss se mikroskopiske objekter som strømmer gjennom netthinnen, og sjamaner bruker teknikker som fremmer nettopp disse typene av oppfatning. Til slutt ble teorien om at enkelte sykdommer oppstår fra levende agenter som overføres gjennom smitte, foreslått like etter det første møtet mellom kulturer.
