Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor

Bioconductor er et mye brukt, åpen kildekode og åpen utviklingsprogramvareprosjekt som er essensielt for analyse og forståelse av data fra høy-throughput eksperimentering innen genomikk og molekylærbiologi. Denne programvaren er fundamentert i det åpne kildekode statistiske beregningsmiljøet R. Boken dekker et bredt spekter av de viktigste funksjonene til Bioconductor-prosjektet. Den tar for seg import og forbehandling av høy-throughput data fra ulike plattformer som mikroarray, proteomikk og flowcytometri. I tillegg adresseres kuratering og levering av biologisk metadata for bruk i statistisk modellering og tolkning. Statistical analyse av høy-throughput data inkludert maskinlæring og visualisering er også omfattende dekket. Modeling og visualisering av grafer og nettverk er viet egne kapitler. Kapitlene er skrevet av utviklerne av programvaren, som ofte også er ledende akademiske forskere. Alle metoder illustreres med offentlig tilgjengelige data, og en stor del av boken er viet til grundig utredning av helt utarbeidede case.