Boken 'Hidden Markov Models for Bioinformatics' er basert på et sett med notater som ble utarbeidet for kurs rettet mot masterstudenter innen matematikk, datavitenskap og biokjemi i løpet av det akademiske året 1998-1999. Kursene ble avholdt ved Universitetet i Turku og ved Kungliga Tekniska Högskolan (KTH) i Stockholm. I Turku ble kurset organisert av professor Mats Gyllenbergs gruppe og var en del av det postgraduate programmet ComBi, et Graduate School i beregningsbiologi, bioinformatikk og biometri, ledet av professor Esko Ukkonen ved Universitetet i Helsingfors. Formålet med kursene var å gi en grundig og systematisk innføring i sannsynlighetsmodellering innen bioinformatikk for avanserte bachelor- og masterstudenter med begrenset bakgrunn i sannsynlighetsteori, men med solid opplæring i matematikk og kjennskap til enkelte teknikker innen algoritmisk sekvensanalyse. Materialet har også blitt presentert i kortere format ved senere graduate-programmer.
