I 'Boys in the Valley' møter vi et unikt og skremmende univers, der elementer fra 'The Exorcist' og 'Lord of the Flies' smelter sammen med en moderne fortelling fra et avsidesliggende barnehjem. Handlingen utspiller seg tidlig på 1900-tallet ved St. Vincent's Barnehjem for gutter i Pennsylvania, hvor tretti jenter lever under tilsyn av flere prester. Blant dem finner vi Peter Barlow, som tidlig i livet mistet foreldrene sine i et brutalt drap. Ved barnehjemmet har han skapt seg et nytt liv, og som han nærmer seg voksenlivet, har han funnet vennskap, fremtid og en ny familie. Men en stormfull natt endrer alt seg når en gruppe menn banker på døren, en av dem alvorlig skadd, med okkulte symboler skåret inn i huden. Døden hans frigjør en gammel ondskap som sprer seg som en sykdom, og infiserer både barnehjemmet og guttene som bor der. Snart begynner guttene å oppføre seg merkelig, danner grupper og tar sider. Noen av dem blir drept. Nå står Peter og hans nærmeste overfor et valg, vel vitende om at livene deres – og muligens sjelene deres – er i fare.