"Enigma Variations" skildrer livet til Paul, en mann hvis kjærlighetsforhold forblir like intense og lengselsfulle gjennom hans voksenliv som de var i ungdommen. Handlingen utspiller seg i et variert landskap, fra det solfylte Sør-Italia, hvor han utvikler en forelskelse i sine foreldres møbelsnekker, til en snøfylt campus i New England, hvor hans vedvarende følelser for en kvinne han stadig møter i ulike faser av livet, preges av anonyme møter med menn. I scener fra en tennisbane i Central Park til fortauene i New York om våren, fremstår hans forbindelser som gjenstridige, forbigående og alltid drevet av en intens, rå lengsel — ikke bare etter én persons nærhet, men også etter andres. For hver beslutning Paul tar, står hans håp, fornektelser, frykt og anger klare til å sette feller for ham. Likevel forblir drømmen om kjærlighet til stede. Vi er ikke alltid klar over hva vi ønsker, og vi kan ofte være en gåte for oss selv og andre. Men før eller senere oppdager vi hvem vi alltid har vært.