Linus Baker lever et stille og ensomt liv. Ved førtiårsalderen bor han i et lite hus sammen med en slu katt og sine gamle plater. Som saksbehandler i Avdelingen for magiske unge tilbringer han dagene sine med å overvåke velferdsforholdene til barn i statlig godkjente barnehjem. Da Linus plutselig blir innkalt av den ekstreme ledelsen, får han tildelt en merkelig og strengt hemmelig oppgave: Å reise til Marsyas øy-barnehjem, hvor seks farlige barn bor: en gnom, en nisse, en wyvern, en uidentifiserbar grønn blob, en varulv-pomeranian og Antikrist. Linus må sette til side sine frykter for å avgjøre om disse barna virkelig kan forårsake verdens undergang. Men barna er ikke den eneste hemmeligheten øya skjuler. Deres omsorgsperson, den sjarmerende og mystiske Arthur Parnassus, vil gjøre alt for å beskytte sine vernede. Etter hvert som forholdet mellom Arthur og Linus utvikler seg, avdekkes lange holdte hemmeligheter, og Linus står overfor et avgjørende valg: ødelegge et hjem eller se verden brenne. Dette er en fengslende historie.
