Capitol City Natural History Museum rykter om å være hjemsøkt – eller i det minste er det noen som ønsker at folk skal tro det. Wilson Kipper, sønnen til museets ledende paleontolog, har imidlertid en helt annen oppfatning. Når de mystiske hendelsene utvikler seg fra å være nervepirrende til livsfarlige, blir museet tvunget til å stenge dørene. Klarer Wilson og vennene hans å finne ut av situasjonen, eller vil Natural History Museum forbli lukket for alltid?