Året er 2160, og det har gått ti år siden de katastrofale hendelsene i Eventide, Water City, hvor hele 99,97 prosent av menneskeheten ble besatt eller utryddet av Akira Kimura, en anerkjent vitenskapsmann fra Water City og tidligere redningsmann for jorden. Vår navnløse antihelt, som er synestet og tidligere detektiv, navigerer gjennom et post-apokalyptisk landskap befolket av barbariske Zeroes - fastboende i kontinentets største avfallsdeponi, The Great Leachate. Disse menneskene klamrer seg til de gamle verdens tradisjoner i opposisjon til Akiras gudelignende dominans over planeten. Hun har påtatt seg kontrollen over befolkningen som en gang beundret henne, og har omgjort dem til sine Hagedrivere; zombieliknende mennesker som plodder videre for å realisere hennes visjon om en ny verden. Hva denne nye verdenen egentlig innebærer, er Ascalon, Akiras datter, ikke helt sikker på, men hun er fast bestemt på å finne det ut. Nå nitten år gammel, tar hun over fortellingen mens hennes far synker ned i sorg og skjebnen som Akira har formet over flere tiår. Med unike evner som synestet, står hun overfor utfordringer som vil sette både hennes mot og intelligens på prøve.
