Boken 'Rethinking Science', første gang utgitt i 2002, utfordrer de tradisjonelle oppfatningene om vitenskapens rolle i samfunnet. Vanligvis betraktes naturvitenskapene som søkende etter forklaringer, mens samfunnsvitenskapene søker mening og forståelse. Denne boka av Jan Faye viser imidlertid hvordan disse motsetningene ikke lenger er tilstrekkelige i vår moderne forståelse av vitenskapene og kunsten. Gjennom en grundig presentasjon av sentrale ideer innen vitenskapsfilosofi – inkludert fakta, forklaring, tolkning, metoder, lover og teorier – sammenligner Faye ulike tilnærminger, inkludert sin egen. Han argumenterer for at både naturvitenskapene og samfunnsvitenskapene deler en felles praksis i erverv av kunnskap. Dette gjør boken til en unik innføring i sentrale aspekter av vitenskapsfilosofi, og den gir leseren en dypere forståelse av hvordan vitenskap og menneskelig erfaring kan forenes.