Thomas trodde at flukten fra labyrinten ville gi ham livet tilbake, men ingen visste hva slags liv de ville få tilbake til. Jorden har blitt et øde land der mennesker er blitt galne av en infeksjon kjent som Flare. I stedet for frihet må Thomas møte en ny prøvelse. Han må krysse Scorch for igjen å redde seg selv og vennene sine.
