I "Alien: Colony War" av David Barnett utspiller det seg en intens politisk konflikt på Jorden, som utvikler seg til åpen krig mellom koloniene i verdensrommet. Det britiske kolonien New Albion kobler seg fra Treverdenimperiet, og dette fører til økte spenninger som sprer seg til de ytre områdene av kjent rom. Situasjonen eskalerer ytterligere når en oljeutvinningsfasilitet på den nærliggende planeten LV-187 blir ødelagt, og de franske kolonistene blir brutalt slaktet. Britene blir raskt stilt til ansvar for denne grusomheten. Militære styrker fra de Uavhengige kjerner systemene ankommer, og kampene bryter ut. Midt i alt dette finner vi Cher Hunt og Chad Mclaren. Cher er på en mision for å avdekke sannheten bak drapet på søsteren hennes, Shy Hunt, fra McAllen Integrations, som også er kjent fra "Alien: Into Charybdis". Samtidig følger Mclaren, sammen med den syntetiske enheten Davis, sporene til sin avdøde kone, Amanda Ripley, i et forsøk på å stoppe våpenskapingen av de fryktinngytende Xenomorphene. Men når en horde av disse dødelige skapningene overvelder de to gruppene, kan deres eneste håp ligge i hærenheten kjent som 'God's Hammer'.
