Dypet i skyggene under Paris’ operahus finner vi Erik, Fantomet, som gjennom tidene har overlevd som hjernen bak en merkelig og hemmelig agentur. En stadig skiftende gruppe kvinnelige agenter er ansvarlige for å undersøke forbrytelser og lovbrudd som rike parisere og den franske regjeringen helst ønsker å holde borte fra offentligheten. Eriks utrettelige kvinnelige operativ fra Paris avdekker byens giftige underside mens de står overfor skrekk og korrupsjon. Imidlertid er det en fryktelig mord under den store oversvømmelsen i Paris i 1910 som samler Irene Adler, Kate Reed og andre til en siste, dødelig konfrontasjon.
