Når Desmond Miles blir kalt bort til en presserende oppgave, overlater han ansvaret for Fil 24 til sin medassassin, Jonathan Hawk. Hawk begir seg ut på en farlig ferd for å finne Isis' septer – et mektig, gammelt artefakt som er tapt i tidens strømme. Gjennom sin forfader, El Cakr, reiser Hawk til Egypt i året 1257, der septeret befinner seg i hendene på den nye sultanen. I nåtiden blir han forfulgt av den fryktede tempelagenten Vernon Hest, noe som tvinger Hawk inn i et kappløp mot klokken – og gjennom tidens labyrinter.
