I "JAG in Space - Burden of Proof" blir vi kjent med løytnant junior grad Paul Sinclair, som nå må navigere i sitt nye ansvar om bord på krigsskipet USS 'Michaelson'. Samtidig som han håndterer sine plikter som juridisk offiser, opplever han også en stadig mer intens relasjon med kjæresten Jen Shen. Handlingen tar en dramatisk vending når en eksplosjon rammer Foran Engineering, og Sinclair må lede redningsaksjonen for å slokke brannen. Han står på randen av å bli en helt. Men situasjonen kompliseres ytterligere når kaptein Shen, Jens far, blir satt til å lede en etterforskning, og det virker som om han har sin datters beiler i kikkerten. Med bevisene han avdekker, begynner Sinclair å nøste opp i en muligens dypere konspirasjon som involverer en stigende stjerne i offiserskorpset. Bevisene han finner, kan være omstridte, og den mistenkte er sønn av en mektig viseadmiral. Sinclair står overfor et dilemma: Er han villig til å risikere sitt navn, sin karriere og fremtiden sin for å oppnå rettferdighet?
