I den dystopiske verdenen av Tokyo Ghoul er kampen mot monstre noen ganger så intens at man må bli et monster selv. Kommisjonen for motstand mot Ghouler er den eneste organisasjonen som står imot trusselen fra Ghouler, og de er villige til å bruke alle midler for å beskytte menneskeheten fra denne ultimate rovdyrarten. Deres nyeste våpen i denne skjulte krigen er en eksperimentell prosedyre som implanterer menneskelige etterforskere med en Ghoul’s Kagune - noe som gir dem krefter og evner som Ghoul. Både prosedyren og det nyopprettede Qs Squad er imidlertid utestede. Spørsmålet som henger i luften er: vil de bli helter eller monstre? I mellomtiden ble Kaneki dødelig såret under CCGs angrep på Goat-festningen, og i sin desperate lengsel etter å se Touka igjen, tyr han til å gjespe av kroppene til Oggai. Denne uvanlige næringen trigger en forferdelig metamorfose hos Kaneki, noe som fører med seg en betydelig trussel mot både Ghouler og mennesker. Vil Kanekis nedbrytning bli det som endelig bringer de to sidene av denne eldgamle krigen sammen?
