I universet til Tokyo Ghoul er det noen ganger slik at den eneste måten å kjempe mot monstre på er å bli en av dem... Kommisjonen mot Ghouler representerer den siste forsvarslinjen mot trusselen fra disse blodtørstige skapningene, og de er villige til å bruke alle tilgjengelige ressurser for å beskytte menneskeheten fra sin ultimate fiende. Deres nyeste våpen i denne skjulte krigen er en eksperimentell prosedyre som implanterer menneskelige etterforskere med en Ghouls Kagune, noe som gir dem krefter og evner fra Ghouler. Men både prosedyren og det nyetablerte Qs Squad er utestet. Vil de bli helter, eller vil de forvandle seg til monstre? En måned har gått siden Operasjon Auksjon Fei, og aktivitetene ved CCG fortsetter. En oppgavegruppe mellom enhetene har blitt dannet for å etterforske Tsukiyama-familien, og Quinxene er en del av teamet. Dette er en enorm sak for Qs, og det er utrolig dårlig timing at mentorens mentale helse begynner å svikte. Haise opplever stadig tilbakeblikk som får ham til å tvile på alt han tror på, til og med hans egen identitet.
