I universet til Tokyo Ghoul er det iblant nødvendig å bli et monster for å bekjempe dem. Kommisjonen for bekjempelse av Ghouler (CCG) er den eneste organisasjonen som står opp mot trusselen fra Ghouler, og de bruker alle tilgjengelige midler for å beskytte menneskeheten mot denne ultimate rovdyrarten. Deres nyeste våpen i denne hemmelige krigen er en eksperimentell prosedyre som implanterer menneskelige etterforskere med en Ghoul's Kagune, noe som gir dem krefter og evner typiske for Ghouler. Imidlertid er både prosedyren og den nyopprettede Qs Squad utestet. Vil de bli helter… eller monstre?! Qs Squad har igjen vist sin verdi ved å gå undercover for å samle inn avgjørende informasjon om Ghouler, noe som gjør at CCG endelig kan iverksette en massiv utryddelseskampanje. Men dette angrepet setter Qs Squad på en prøve, og avdekker alle deres svakheter. Haise blir særlig hardt rammet når hans skjulte fortid plutselig dukker opp for å påvirke hans fremtid!
