I en dramatisk vending av hendelsene, finner Stitch seg selv på flukt fra Galactic Federation, men navigasjonen på romskipet svikter, og han foretar en nødlanding... i stedet for Hawaii, havner han i Sengoku-epoken Japan! Der oppdages han av den brutale krigsherren Lord Yamato og hans klan. Stitchs uovertrufne søthet står i kontrast til de slitte samuraiene, og Lord Yamato bestemmer seg for å ta den 'blå tanukien' med seg hjem. Kan Stitches forkjærlighet for kaos bli en uventet fordel for samuraiens makt og innflytelse? Eller vil hans søte og fluffy utseende klare å myke opp den edle lordens strenge fasade?