I ‘Ghost Brigades’ er de spesielle styrkene til Colonial Defense Forces (CDF) - en eliteenhet skapt fra DNA-et til avdøde, forvandlet til perfekte soldater skikket for CDFs mest krevende oppdrag. Disse troppene er unge, raske, sterke og helt uten de normale menneskelige tvil. Universet er et farlig sted for menneskeheten, og det blir snart enda mer truende. Tre raser som mennesker tidligere har hatt sammenstøt med, har inngått en allianse for å stoppe vår ekspansjon ut i rommet. Nøkkelen til deres strategi er den forræderiske militærforskeren Charles Boutin, som er kjent for CDFs største militære hemmeligheter. For å vinne må CDF finne ut hva som fikk Boutin til å handle som han gjorde. Jared Dirac er den eneste menneskelige ressursen som kan gi svar - en supermenneskelig hybrid, skapt fra Boutins DNA. Jarods hjerne burde kunne tilgå Boutins elektroniske minner. Men når minnetransplantasjonen ser ut til å mislykkes, blir Jared overført til Ghost Brigades. I begynnelsen fungerer Jared som en perfekt soldat, men ettersom Boutins minner gradvis begynner å komme frem, opplever Jared en forandring.
